Primera Temporada
Naruto, tras conocer por Mizuki que el motivo por el que todos le odian es porque lleva a Kyūbi en su interior, decide con más aplomo aún convertirse en Hokage para que la gente deje de odiarle.

Como genin, es colocado en el grupo 7, junto a Sakura Haruno ( de la cual esta enamorado ) , y Sasuke Uchiha, ( alguien tan perfecto como ninja que Naruto no lo soportaba ) . Como sensei del grupo entra Kakashi Hatake, que tenía la fama de que ninguno de los grupos que iban a estar con él habían conseguido pasar su prueba inicial. La prueba consistía en conseguir quitarle uno de los dos cascabeles que llevaba. Aquel que no lo consiguiera, volvería a la academia. El secreto de la prueba es el trabajo en equipo. No lo consiguen ninguno, y él castiga a Naruto sin comer, y les prohíbe a sus compañeros que le den comida, bajo pena de suspender todos y tener que dejar de ser ninjas para siempre. Pero ellos deciden darle, cuando creen que Kakashi no está. En ese instante aparece kakashi enfurecido y luego les dice que han aprobado, porque han sabido cuidar de su compañero en lugar de ser egoístas y quedarse con su aprobado para ellos solos.

En el País de la Ola
A partir de entonces empiezan a hacer misiones, pero ninguna de relevancia o dificultad real. Naruto, impaciente, pide al tercer Hokage que les asigne algo más difícil, a lo cual les encomienda una de grado C (las anteriores eran todas de grado D). esta consiste en escoltar al señor Tazuna, un maestro constructor de puentes, hasta el País de la Ola, de donde es natural. La misión, en apariencia sencilla, se complica cuando un enemigo de Tazuna, el mafioso Gatō contrata a Zabuza Momochi, un peligroso ninja renegado de la Aldea Oculta de la Niebla, para asesinar al constructor.

En el primer enfrentamiento, Kakashi queda atrapado por la técnica de Prisión de Agua de Zabuza. Naruto logra trazar rápidamente un plan y con ayuda de Sasuke consiguen hacer que Zabuza libere a Kakashi, quien logra ponerlo contra las cuerdas, pero antes de que logre darle el golpe final, Zabuza es aparentemente asesinado por un ninja rastreador de su propia aldea, el grupo llega a su destino, y esperan allí un tiempo hasta que Kakashi recupere fuerzas tras usar su Sharingan. En este período Naruto aprende a moldear mejor su chakra, con un entrenamiento de subir árboles andando sobre la corteza.

Finalmente Zabuza reaparece, pues en realidad el que había simulado su muerte era su discípulo Haku. En la pelea siguiente Kakashi derrota a Zabuza definitivamente, pero tanto Sasuke como Naruto son acribillados por las técnica de agujas de Haku, quien es casi de su misma edad, pero muy superior a ellos. Aquí, en un momento de rabia por ver su desesperada situación, ya que Sasuke cae inconsciente por que al ser el unico que podia ver las agujas decidio salvar a Naruto, Naruto se deja llevar por la incontenible fuerza del Kyūbi, con lo que consigue vencer a Haku, aunque no de manera definitiva. Tras los acontecimientos posteriores y su charla con Haku sobre si los ninjas no son más que meras herramientas, Naruto toma la decisión de tomar su propio camino del ninja y no echarse atrás en ninguno de sus propósitos. Mientras tanto del otro lado del puente zabuza se encontraba atrapado por kakashi y su jutsu de invocacion con sus perros rastreadores, en ese instante kakashi se disponia a atacar a zabuza cuando aparecio haku, dando su vida para salvar a zabuza. Naruto indignado por la muerte de Haku, le dice a zabuza que haku fue mas su compañero y que no era justo que el no sintiera nada por su muerte, ante esto se da cuenta de que sus palabras hirieron profundamente a zabuza y que este al entrar en llanto decide hacer una buena accion asesinando a gato.

El examen chūnin
El equipo de Naruto fue propuesto por Kakashi para presentarse al examen de ascenso a chūnin que se celebraba en ese momento. Conocen a Kabuto Yakushi, que se presenta como un genin de la aldea que ha intentado aprobar ya 7 veces el examen. Tras una primera prueba en que Naruto aprobó por suerte y por su fuerte determinación, pasaron a la segunda, un examen de supervivencia y lucha en el bosque de la muerte, una zona vallada dentro de la aldea. Cada equipo recibe aleatoriamente un tipo de pergamino de los dos que hay, cielo y tierra, y debe llegar al centro de la zona, donde hay una torre con un pergamino de cada tipo, lo que implica haber luchado con otros para conseguir uno de cada tipo.

Su equipo es atacado por un misterioso personaje que más tarde se revela como Orochimaru, un ninja huido de Konoha. Consigue vencerles y marcar a Sasuke con un sello maldito de su invención. Más tarde se encuentran con Kabuto de nuevo, que les ayuda a derrotar a un grupo de genin de la Aldea Oculta de la Lluvia y así conseguir el pergamino que les falta.

Una vez en la torre, se ven forzados a participar en unos combates preliminares para eliminar gente, puesto que el número de grupos que han llegado con éxito es mayor de lo esperado. Finalmente llega su turno, y Naruto queda emparejado con Kiba Inuzuka. Aunque inicialmente el combate no se pone del todo de su lado, un golpe de suerte consigue que venza a Kiba y a su perro Akamaru.

Tras estos primeros combates, se anuncia que disponen de un mes para seguir entrenándose y recuperar fuerzas para los verdaderos combates finales. Naruto pide a Kakashi que le entrene, pero como él ya ha elegido a Sasuke para ayudarle, le asigna a Ebisu. El entrenador, aunque no del agrado de Naruto, empieza a enseñarle como andar sobre el agua usando chakra. Pero en el transcurso de esto, se topan con Jiraiya, que deja fuera de combate a Ebisu. Como de alguna forma ha contraído una deuda con Naruto ya que interrumpio su entrenamiento, accede a entrenarle él mismo. En el transcurso, libera un sello que había hecho Orochimaru al chakra de Kyūbi durante su encuentro en el bosque, y le enseña a dominar este segundo tipo de energía proveniente del demonio. Jiraiya hace que Naruto firme el contrato con los sapos de las montañas para poder invocarlos, pero su poco talento para manejar chakra hace que por más que lo intente no logre sino invocar renacuajos. Para forzarle a usar la energía del zorro, Jiraiya le lanza por un precipicio. En ese momento de desesperación Naruto consigue contactar internamente con el demonio y usando su chakra logra invocar por primera vez a Gamabunta, el cual no se siente muy alegre de que le hayan convocado, por lo que intenta sacudirse a Naruto, aunque finalmente reconoce que no le cae mal y que tiene fuerza.

Finalmente llega la siguiente fase, y Naruto debe luchar contra Neji Hyūga, alguien con mucho más talento para las artes ninja. Aunque el combate inicialmente se decanta en contra de Naruto, sirviéndose del chakra de Kyūbi y de su habilidad para sorprender, consigue vencer a su rival contra todo pronóstico. Durante el posterior combate de Sasuke contra Gaara se inicia la invasión a Konoha por parte de Orochimaru y la Aldea Oculta de la Arena.

La invasión a Konoha
Durante el combate de Sasuke y Gaara se inicia un ataque sorpresa por parte de Aldea Oculta de la Arena y la Aldea Oculta del Sonido. Gaara huyó del combate para recuperarse de las heridas y poder liberar al Shukaku en su interior junto a Temari y Kankurō, y Sasuke, seguido de Naruto, Sakura, Shino y Shikamaru. Finalmente, aunque Sasuke se enfrenta a Gaara quien ya empezaba a despertar el Shukaku y a asumir la forma de este con arena sobre su cuerpo que ademas de regenerarse lo protegia, este resulta no ser rival ya que al no poder usar mas de dos impactos del shidori sasuke se fuerza a un tercero lo que reactiva el sallo maldito que posee dejandolo inutilizado para la pelea, Gaara ataca a Sasuke pero [[Sakura Haruno|Sakura] lo defiende . entonces el Shukaku atrapa con la arena a Sakura, Sasuke le pide de manera deseperada a Naruto que salve a Sakura mientras trata de distraer a Gaara pero Naruto decide pelear contra él, tratando de defender a sus amigos primero hace una invocacion solo logra conseguir a Gamakichi, y se ve envuelto en un combate muy desigual con algunas sorpresas pero luego usa su kage bunshin no jutsu que empieza a nivelar la pelea ante la sorpresa de todos. Cuando parece que va lograr la victoria Gaara libera la forma definitiva del shukaku detruyendo los miles de clones al mismo tiempo que aumenta a un tamaño colosal, Gaara contraataca con su entierro de arena. la unica opcion de naruto es defenederse para lo que invoca a Gamabunta este no queria entrometerse en la pelea al ver su rival, pero es convencido por Gamakichi, que estaba agradecido porque durante la pelea Naruto recibio impactos del Shukaku para defenderlo. Es entonces cuando la pelea sube de nivel y Gaara decide liberar por completo el poder del Shukaku, con su tecnica del sueño fingido. Siguiendo el consejo del sapo, se lanzan contra el Shukaku para intentar despertar a Gaara y detener así el poder total del Bijū. Como Gamabunta no puede agarrarse a él tiempo suficiente como para que Naruto salte encima del tanuki y despierte a Gaara, hacen una transformación combinada, en el sapo, con el chakra de Naruto toma la apariencia de Kyūbi. De esta forma, consiguen sacar a Gaara del trance y disminuir el poder del demonio pero la pelea no termina en ese punto Gaara aprovecha que Naruto esta sobre el cuerpo de arena para intentar de nuevo su entierro de arena Gamabunta lo defiende rodeando a Naruto con su lengua lo que resulta ineficaz. en el ultimo momento de deseperacion Naruto trata de liberar por voluntad propia un poco del chakra del kyuubi y lanzandose sobre Gaara este lo detiene en el aire con su arena, pero Naruto se encontraba tan cerca que pudo acertar un fuerte cabezaso que acabo con la forma del Shukaku, al mismo tiempo que Gamabunta se retiro por haberse quedado sin energia. los dos quedaron solos en un duelo frente a frente que termino con un impacto doble en el aire en el que los dos cayeron severamente heridos aunque sus cuerpos estaban inutilizados Naruto siguio tratando de arrastrarse por el suelo hacia Gaara lo que lo lleno de pavor y se da cuenta de lo fuerte que es la gente cuando trata de defender a otros.

La tenaz resistencia que muestra Naruto cuando se trata de proteger a sus amigos y a su aldea acabarán haciendo que Gaara cambie su forma de entender la vida. Tras el fin de la fallida invasión Naruto regresa a Konoha para descubrir que Sarutobi secrificandos para defender la aldea de Orochimaru. Sin embargo, la vida sigue en la aldea. siguendo el legado del hokage.

El regreso de Itachi
Jiraiya convence a Naruto para que le acompañe en la búsqueda de Tsunade, una antigua amiga y excepcional ninja médico, diciéndole que le enseñará un movimiento mejor que el Chidori de Sasuke. La intención real del sannin es proteger a Naruto de la Organización Akatsuki, que anda buscándole para capturar a Kyūbi y usarlo para sus propios fines.

Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki, miembros de dicha organización consiguen distraer a Jiraiya e intentan capturar a Naruto, pero la aparición de Sasuke les interrumpe: busca venganza contra su hermano mayor por haber matado a todo su clan. Itachi está a punto de matarle con su técnica Tsukiyomi cuando aparece Jiraiya y obliga a los dos miembros de Akatsuki a huir con la técnica que lleva a cabo, teniendo Itachi que usar la técnica Amaterasu para escapar.

Jiraiya le cuenta a Naruto el motivo por el que le persiguen, y el se da cuenta de que tiene que hacerse más fuerte para protegerse a sí mismo y a los demás de estos nuevos enemigos.

En busca de Tsunade
Durante la búsqueda de Tsunade, para que ocupe el puesto de Hokage, Jiraiya decide enseñar a Naruto a utilizar el Rasengan, para el cual Naruto tiene que llevar a cabo un duro entrenamiento.

Naruto y Jiraiya llegan a Ciudad Tanzaku donde encuentran a Tsunade. Ésta ve en Naruto un gran parecido con su difunto hermano Nawaki por su deseo de convertirse en Hokage y por su personalidad.

Naruto no desea que alguien como ella sea Hokage, pues este tiene que dar la vida por la aldea y, ya que ella dice que no le interesa dicho puesto, finalmente Naruto acaba luchando con Tsunade. La ataca con su recién aprendido Rasengan pero ella consigue esquivarlo (habiendo completado solo 2 de los 3 pasos necesarios para aprenderlo). Aun así, Tsunade apuesta con Naruto de que si aprende a dominar el Rasengan en el plazo de una semana lo reconocerá como a un futuro Hokage, y además le entregará el colgante del Primer Hokage y si no se quedaría con su dinero.

Naruto sigue entrenando durante una semana, de tal forma que cuando tiene lugar la pelea entre los tres sannin, él ya puede realizar el Rasengan al completo. Naruto se lanza contra Kabuto para proteger a Tsunade, lanzándole un potente Rasengan a Kabuto que este es capaz de resistir gracias a sus habilidades como ninja médico. Naruto cae debilitado al borde de la muerte pero Tsunade le salva la vida gracias a su ninjutsu medico. Tsunade se identifica con Naruto y le entrega el colgante del primer Hokage como muestra de agradecimiento.

Con Naruto fuera de combate, empieza la lucha entre los 3 sannin, que acaba en la derrota y huida de Orochimaru. Naruto y Tsunade vuelven a enfrentarse, pero Tsunade para el combate y le reconoce como un futuro Hokage, dándole un beso en la frente en lugar de golpearlo. Al regreso de ellos a Konoha, Tsunade es nombrada Hokage.

La huida de Sasuke
Después de que Sasuke decidiera seguir a los sirvientes de Orochimaru para ir a entrenar con él y así poder derrotar a su hermano Itachi, Konoha lanzó una misión para detenerle y hacerle regresar. En ella estaban Shikamaru, Neji Hyūga, Chōji Akimichi, Kiba Inuzuka y Naruto. El grupo se fue disgregando para poder afrontar a los cinco del sonido, y finalmente sólo quedó Naruto para luchar contra Kimimaro. En su ayuda apareció Rock Lee, por lo que Naruto pudo perseguir a Sasuke para intentar que volviera.

Dado que Sasuke tenía el firme propósito de dejar atrás a Konoha y a sus antiguos amigos, Naruto decidió que le llevaría aunque fuese a rastras, por lo que se enzarzaron en una pelea de grandes proporciones. Naruto acabó liberando una de las colas del Kyūbi, y Sasuke liberó el sello maldito en nivel dos. Finalmente se lanzaron el uno a por el otro esgrimiendo Rasengan y Chidori. En el impacto, Sasuke consigue dejar fuera de combate a Naruto, mientras que este apenas logra arañarle su protector. Con Naruto fuera de combate, Sasuke huye. Poco después apareció Kakashi con Pakkun y llevaron a Naruto de vuelta a la aldea, donde la misión fue declarada fallida aunque sin bajas que lamentar. Naruto recibió, mientras se recuperaba de sus heridas en el hospital, la visita de Jiraiya, que le dijo que sería su maestro en los siguientes tres años, tiempo que tenían hasta que Orochimaru pudiera ocupar el cuerpo de Sasuke, y hasta que Akatsuki volviera a por el Kyūbi.

En el manga, Naruto se marcha con él de inmediato, aunque no se cuenta nada de esos tres años, y se pasa directamente a la segunda parte. En el anime se intercalan en este período una serie de sagas de relleno, al final de las cuales Naruto se marcha con Jiraiya igualmente.